El Centro de Innovación y Desarrollo Docente, dependiente de la Dirección de Docencia fue establecido en el año 2016, con el propósito de proporcionar a los docentes un programa de asistencia pedagógica, en aspectos vinculados con las metodologías de enseñanza y la evaluación del aprendizaje. Este programa fue diseñado especialmente para los profesionales pertenecientes a la facultad de Teología, ciencias de la salud y facultad de ingeniería y Negocios. El centro promueve de manera constante la innovación en los procesos de formación académica, respalda el desarrollo profesional del cuerpo docente y contribuye a la mejora de la calidad en el proceso de enseñanza.

En el transcurso del año 2024, se ha dado inicio al proceso de conformación del equipo del Centro de Innovación y Desarrollo Docente, con el propósito de estructurar un conjunto de profesionales dedicados a cumplir los objetivos de los planes y programas, como parte del equipo se encuentra la directora y se ha integrado una coordinadora y una diseñadora gráfica. Resulta notable el progreso que ha experimentado el CIDD a lo largo de estos años evidenciado por la implementación de diversas mejoras. Entre estas se destaca la creación de un plan robusto de Mentorías de pares, Un plan de fortalecimiento docente que se ha consolidado con el pasar de los años, Un ampliado plan de inducciones dirigido a distintos grupos de interés, un plan de fortalecimiento espiritual. Asimismo, se ha puesto en marcha un curso en línea, lo cual demanda una asignación de tareas, para su adecuada gestión, seguimiento y sistematización de estos procesos.